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蒙时雍的率众投降并不代表着吴军和太平军的南京大战画上句号，为了彻底消灭南京城里和城外的敌人，吴军又足足用了两天多的时间清剿城内残敌，抓捕隐藏在民间的太平军将士，追杀逃进北面紫金山区的太平军官兵——也顺便收缴太平军十余年来在江南各地搜刮来的金银珍宝，古董文物，没收太平天国各大头目聚敛贪污而来的民脂民膏，黑吃黑吃得不亦乐乎。一部分太平军将士的顽固表现让吴超越和吴军将士都十分意外，在洪秀全已死、李秀成被俘和蒙时雍已经主动投降的情况下，一部分的太平军将士不但依然拒绝放下武器投降，坚持依托街巷房屋与吴军血战到底，还有人直接喊出了‘不留半片破布给妖兵享用’的口号，宁可一把火烧烧掉他们所保护的财产物资，也不愿让吴军将士的贪欲得逞。期间江浙太平军的重将吉庆元战死，李秀成的干儿子李容发则是不知所踪，不知道是死在了随处可见的火海之中，还是藏身进了民间。
许多的吴军将士因此倒在完全胜利前的最后一刻，许多的太平军将士在被重重包围后先是打光子弹，然后纵火自焚而死，而这其中既有被邪教洗脑最严重的南京太平军，也有加入太平天国时间不是很长的江浙太平军。而更加让人难以思议的是，在吴军已经一再承诺不少俘虏的情况下，短短的两天多时间里，吴军战俘营中竟然先后发生了三起千人规模的战俘暴动，小规模的骚动逃亡更是多达二十余次，逼得吴军将士只能是痛下杀手，残酷屠杀了近两千名已经放下武器投降的太平军士卒。
考虑到将来光复东南的战事很可能要以怀柔为主，吴超越也十分重视这些情况，花了相当不少的力气调查太平军为什么这么顽固的原因，还有太平军战俘为什么会在放下武器后再次作乱的原因。结果调查出来的结果让吴超越感觉棘手，原因一是太平军的确被邪教洗脑十分严重，相信为太平天国战死后可以上到天堂；二是各种各样的国仇家恨，许多太平军将士想为战死遇害的亲人报仇，所以坚持要和吴军血战到底。
第三则是流言作祟，太平军战俘中不断有人传言说吴军迟早会屠杀战俘，导致太平军战俘为了活命而暴乱逃亡，而这样传言的源头既有些来自被邪教洗脑严重的太平军战俘，也有很多是太平军战俘不肯相信吴军不杀俘虏的承诺，在恐惧中自行创造的谣言。
“麻烦啊，这些没脑袋的蠢货长毛，放下了武器也不让人省心啊。这些蠢货怎么就不想一想，江浙福建还有那么多土地城池被其他的长毛掌握，老子是疯还是傻了会去干屠杀战俘的事？老子以后还想不想招降其他的长毛军队了？”
揉着涨疼的太阳穴，吴超越满嘴脏话，全无咱们大清镇南王的风度风范，好在在场的几个吴军文武都已经熟悉了吴超越的为人德行，对此倒也见怪不怪。点头附和之余，戴文节还建议道：“镇南王，应该早点处理战俘的事了，一是我们现在需要稳定人心，二是好几万的战俘关在战俘营里，粮食消耗也是个大问题。”
“镇南王，按老规矩办吧。”周文贤也建议道：“老弱的发点干粮和路费遣散，青壮的甄别收编一部分，剩下的打发到工地矿山干几年苦役，这样一来，长毛战俘的人心也就可以稳定了。”
“当然得尽快这么干。”吴超越点头，又皱眉说道：“不过这次有点不同，我想多收编一些长毛的精锐战兵，把他们武装起来，用来打剩下的长毛，北方的乱党，还有我们答应过琉球国要给他们帮忙打扶桑，这些战俘也正好可以派上用场。”
“这事好办，青壮的长毛战俘里，只要把两广老贼挑出来，剩下的想怎么收编都行。”戴文节想不想就说道：“至于那些出了名顽固的两广老贼，要不就发配去当苦役，要不就卖到海外去当劳工，既不违背我们的承诺，又可以彻底消弭隐患。”
发配去做苦役和卖到海外做华工，一向都是吴军对待太平军两广老兵的不二法门，已经无比清楚太平军老兵顽固程度的吴超越当然再次-->>