同样参与了隐田案的南州布政使郭兆卿根本不敢造反，于是趁着刘铖等人袭杀田文镜之时乘船北上，跑到了旧港南海府将南州叛乱的事情告诉了李嗣乾。
得知消息的李嗣乾当即上疏，同时派船只前往南州东州府（新西兰）。
好在东州府距离南州甚远，不仅没有参与“隐田案”，更没有与刘铖等人同流合污。
三月十二，田文镜逃回南海府，同时刘杨之乱的消息传到北京。
得知情况的永昌皇帝着黔国公沐桢率南军平叛，海军协助。
三月二十，南军都督、黔国公沐桢抵达交趾，并调集交趾、云南、广西、广东、旧港等五省兵马出征，海军南海舰队协助兵马渡海前往旧港东山府（新几内亚）。
四月初十，沐桢领五省十五营兵马，联合南海舰队约五万众在东山府南安港誓师，并命人散播消息，称“良者按兵不动，犯事者降之则不杀”。
直到这时，北港军民才知道刘杨叛乱。
十一日，大军渡海，北港军民开港迎王师，大军毫无阻碍便登陆了北港。
同时，南州各地军民也按照沐桢所说的一样按兵不动。
他们这样，当即就急坏了刘铖与杨崇、吴坚这一群隐没了大量耕地的将领官员。
二十日，当沐桢率大军抵达合浦府，驻扎合浦的兵马绑了刘铖与杨崇、吴坚的心腹，同时急忙打开城门欢迎王师。
二十三日，得知沐桢占领合浦县的过程，刘铖与杨崇、吴坚大惊，当即带着六百余名心腹，在九真府（悉尼）港口劫船而走。
一艘装满金银珠宝的轮船与三艘轮船成为了他们的居身之所，一路向西逃亡。
二十四日，发现刘铖等将领不在的一名士兵大胆打开了刘铖府邸大门。
在发现刘铖及其家眷不见后，他们急忙派人去通知合浦县的沐桢。
二十七日，沐桢得到消息后连忙上奏皇帝。
三十日，宁明县守将上报，称看到四艘轮船向西而去，沐桢得知后，连忙派南海舰队向西追击。
五月初三，得知南州收复、刘杨逃跑的永昌皇帝朱和垠下旨令海军都督林亮围剿刘铖、杨崇。
五月二十七日，昆仑监察使司东平知府上奏，称皇店海商在东平府南部发现叛贼踪迹。
六月初五，海军都督林亮率大西洋舰队在昆仑府南部（好望角）遭遇刘、杨，下令炮击。
当日，刘铖中炮殒命，杨崇跳海溺亡，吴坚自刎而死，自此闹了几个月的刘杨之乱彻底平息。
严格来说，这并无法称之为一场叛乱，因为刘、杨、吴三人并没有能够严格御下的能力。
除去与他们同流合污的中高层将领外，大部分基层军官和士兵都对大明的信任胜过统帅。
之所以会出现这种现象，追其根本可以追溯到天启年间齐王定下的军区换防制。
这个制度被很好的保持了下来，因此军中也有“铁打的营盘、流水的兵”一说。
几乎每三到五年，五军都督府的军队就会遭遇轮换。
除总兵以上的将领位置基本不会变外，其余参将、守备、总旗官、队正、伍长等中层、基层将领和士兵都会遭遇一次大洗牌。
加上随着人口增多，年轻一代身高力大，而当兵吃饷又十分受人尊敬，收入又高，因此选兵要求也十分严格。
天启年间，乾圣皇帝朱慈燃尚为监国太子时，他便进一步将军中士兵的退伍年龄严格到了三十岁以下。
到了乾圣年间，他又将选兵要求中的学历、身高、耐力都做出了提高。