朱元璋命置洮州卫，设官领兵驻守。师还以后，蓝玉被封为永昌侯，食禄二千五百石，进入明初新贵公侯行列。
甘、青大体平定以后，朱元璋用兵西南和东北，蓝玉在这过程中发挥了日益重大的作用。云南梁王把匝剌瓦尔密在元朝灭亡以后，负隅顽抗，一再拒绝明朝招降，最后竟将明使杀掉，朱元璋决定派兵征讨。洪武十四年（1381）九月，蓝玉为左副将军，跟右副将军沐英一起，随征南将军傅友德率三十万兵征讨云南。“自九月朔出师，迄下云南，仅百余日。”次年闰二月，蓝玉、沐英率兵西攻大理，再次取得胜利。其他一些民族地区，遣人招抚，大部不经战斗便归顺明朝。奉诏班师后，蓝玉因功加禄五百石，其女被册为蜀王妃。
东北的纳哈出是元朝世将，前曾被明军俘获，放还后仍与明朝对敌，据金山（今内蒙古哲里木盟东境西辽河南岸）一带屯兵蓄锐，待机南下，从东北方面构成对明的威胁。洪武二十年（1387）正月，蓝玉为右副将军，和大将军冯胜、左副将军傅友德率兵出击。根据朱元璋授意，大军先驻通州，探明纳哈出虚实后再作行动。驻通州后，探知庆州（治所在今辽宁巴林右旗西北察罕木伦河源之白塔子）有纳哈出部驻守，蓝玉率轻骑冒大雪奇袭，取得胜利。明大军出长城松亭关，筑大宁、宽河、会州、富峪四城，驻兵大宁，储草备粮，准备进击金山。夏六月，冯胜留兵五万守大宁，率大军直趋前进，一路胜利，到达金山之西。与此同时，明派去劝降的人也见到纳哈出，说明朝廷厚意。纳哈出见久战必败，派人到大将军冯胜处请降，冯胜派蓝玉前往受降。蓝玉设酒宴款待纳哈出。纳哈出斟酒谢蓝玉。蓝玉不喝，一定让纳哈出先穿上他的衣服，才喝纳哈出斟的酒，意思是纳哈出必须先降明称臣。纳哈出不肯，双方争执不下，形成僵局。纳哈出将酒浇在地上，和随从密语几句，想走。在场的有人明白纳哈出话的意思，告诉常茂（常遇春子，冯胜婿，蓝玉外甥），常茂急上前阻拦，将纳哈出砍伤。纳哈出被拥至冯胜处，冯胜虽然待之以礼，但纳哈出部众闻纳哈出被伤，四处惊散，冯胜派人花了很大气力才将其大部收服。回军路上，明军遭藏匿起来的纳哈出余众伏击，损失惨重，三千殿后骑兵全部覆没。冯胜让常茂承担这个责任，到朱元璋面前去说明。常茂说明了情况，朱元璋说：“如尔言，胜亦不得无罪”，收回了冯胜的总兵印，命蓝玉行总兵官事，不久又在军中拜蓝玉为大将军，蓝玉成为明战时统兵的最高将领。
纳哈出随冯胜等一起南来，被封为海西侯。元残余势力从东北方面对明的威胁从此消除，且为明向白山黑水一带开拓廓清了道路。
扩廓帖木儿死后，纳哈出降，北元势力虽经明军打击，一再失利，但败而未灭，仍然构成对明的威胁。击败纳哈出的当年，蓝玉为大将军，率兵征讨，给北元进一步打击。冬十一月蓝玉报告：“元丞相哈剌章、乃儿不花遁入和林，乞进步剿灭。”朱元璋同意了蓝玉的计划。
洪武二十一年（1388）夏四月，蓝玉率兵出发，自大宁进至庆州，闻元主脱古思帖木儿在捕鱼儿海（今贝尔湖），抄近路兼程而进。行至百眼井处，距捕鱼儿海还有四十里，侦察不到元军行迹，蓝玉想引兵退还。部将王弼不同意，说我们领兵十万，深入漠北，未见到敌人就回师，如何向上交待。蓝玉同意王弼的意见，命诸军继续前进，并采用王弼计谋，穴地而炊，不使敌人见烟火，秘密前进。到达海南，仍未见到敌人。后侦知元主营在捕鱼儿海东北八十里处。蓝玉命王弼为前锋，疾驰直击其营。元军大意轻敌，以为明军缺水乏草，不会深入，未加设防，加之当时狂风大作，风沙弥漫，明军到来，元方竟无察觉。明军突然到达营前，元军仓促应战，伤亡惨重，元主脱古思帖木儿与太子天保奴等数十人北遁，蓝玉率精骑追赶，没有赶上，俘获其次子地保奴及妃、公主等数万人和大量牲畜，并得其传国玺、宝玉、金银印章等物，取得巨大胜利。元主北逃后被人杀死，北元四分五裂，不久灭亡。蓝玉胜利班师，途-->>