他笑着说道，“Seele不会对此保持沉默的，碇司令……也在你的计划之中吗？”
而就在NERV总部注视着这一切的碇源堂和冬月副司令。
“开始了啊……”
冬月眯眯眼说道。
“嗯……一切才刚刚开始。”
碇源堂却丝毫不意外，看着屏幕上张开大嘴血腥咆哮的初号机，说道。
果然，在下一集中。
那曾经的大人物再次一起展开会议。
“EVA体内那不可能天生拥有的S2机关……”
“没想到会被初号机用这种手段取得。”
“这跟我们Seele的计划相差太大了……”
……
原来他们就是Seele，观众们这才恍然大悟，原来他们一早就出现了。
只是当时没有标明他们是Seele这个特殊组织。
同时画面中隐隐出现了当时“亚当”那个面具的七支眼睛的符号，似乎暗示着什么。
他们开始难以忍受碇源堂指挥下所发生的这些事情，但是……
要他们卸任碇源堂，他们又无法做到。
“没有了那个男人，一切计划就无法进行了。”
他们如此说道。
然后他们还是容忍了下来。
就是不知道为何，他们觉得没有碇源堂，计划就无法进行了。
还有那些计划是什么？
人类补完计划是什么？亚当计划又是什么？
碇源堂在这其中起到了什么至关重要到不可或缺的作用？
总之这一切都还是个谜。
在Seele那边继续开会，开得依旧是充满谜底时。
而画面给回到美里他们所在的NERV总部那边。
NERV总部这次也是被力天使攻击地损失惨重，进入了转移重建过程当中。
而初号机那边……
却是在那一战后，撕碎了拘束器的同时，又身上变得伤痕累累的。
但NERV总部似乎还是控制住了它，帮它用大量巨大的绷带包扎了起来，并且拘束在了机甲库内。
整个头部只露出眼睛和嘴巴，其他地方都是血淋淋的绷带，这看起来有些渗人。
不过它却因此获得了力天使的S2机关，这能让它获得了无尽能源，不再依赖人类的电力启动。
但是……
最为关键的却是插入栓无法弹出，同时最可怕的是，碇真嗣也没有回应，因为已经被融入到初号机的体内了。
融入……初号机的体内，这可真是太渗人了。
美里自然接受不了，想尽办法可是都救不出碇真嗣。
而在初号机内的碇真嗣，却是经历了一系列幻境。
有他认识的所有人，包括父亲碇源堂、明日香、绫波丽，以及……一直像大姐姐一样照顾他的美里。
甚至到了最后，他在那“陌生的天花板”中看到了……
母亲当初给他哺乳的那个模糊画面。
但最终在30天后，碇真嗣的肉身才重新出现……