义尚成为了将军，足利义视逃到了美浓。从此幕府的大权完全掌握在了细川政元的手中。
在这场长达十余年的战乱中，京都化为一片焦土，街道、普通民屋、王侯宅邸、古寺名院均无一幸免，绝大部分宫廷宝物秘籍被付之一炬，甚至连将军宅邸花之御所也化为废墟。由于众多守护大名集合京都混战，地方上以“守护代”为代表的武士势力开始强大。
损失最惨重的莫过于幕府，幕府的优柔寡断是引起战乱的主要原因，因此威信全失。饥荒和战乱还导致了大量的庄园公领破产，庄园公领制此后完全崩溃。
地方上，领地国人、商人、自治团体纷纷趁乱而起，一个以下克上的乱世开始了。
尽管“应仁之乱”未见最终胜负，但幕府权威与支配力一落千丈，各守护大名拥兵自重，割据雄霸一方，由此实际上成为日本进入漫长战国时代的标志事件。
这些战国大名包括篡夺出云守护京极氏实权的尼子经久、驱逐美浓守护土岐氏成为大名的斋藤道三，此人后来成为了战国一代枭雄织田信长的岳父。
“三管领”之一、尾张守护斯波氏，也因大权旁落而被守护代织田氏独揽大权，后织田信长继承家业，统一织田氏族，并彻底取代斯波氏成为尾张领主，跻身于战国大名之列。其后，他更以尾张为基础，积极扩充织田氏势力，鼎盛时期成为统领二十余国的强权大大名。
家臣谋反，守护作乱，你方唱罢我登场的纷乱局面在战国这个乱世不断上演，这种情形被后人称为“以下克上”。在逐步取代旧守护大名之后，以全新姿态登上历史舞台的战国大名为了加强各自的实力，赢取更大的胜利，不约而同地加强了对领地各方面的管理,并进行了创新。
战国大名毫不留情地没收领地内各豪族的土地，予以重新分配。并课以较重的税收来抑制豪族势力的壮大，以此巩固自身权力。这些豪族有些虽成了大名的家臣，但没有协助大名处理政务的权力。在这一系列的限制下，以往势力甚大的豪族实际上已经成了无土无权，只凭土地收入维系的小地主。
相比之下，农民的处境得到了改善。为了防止农民反抗，也为了促进农业生产，获取更多的军粮，战国大名们免除了农民的债务，减少了税收，使其能安心农活。
为了能更好地支配自己的领地，约束家臣的行为，防止发生权力被篡夺的事件，战国大名相继制定了适用于自己领地内的法律，称为“分国法”，也称家法。
“分国法”对家臣的各种行为作出了具体规定，比如如何居住，如何购买兵器，钱财怎样使用才算正当,子女如何婚配才算合法。小到吃饭睡觉，大到出征作战，如此种种，类别繁多。
战国时期，随着战争规模的不断扩大，几万人甚至十万人以上参加的合战日渐频繁。大名们的军阵体系由此也逐渐完备起来。
战国大名的军阵一般由大名本阵和若干独立作战军团组成。本阵成员包括总大将、副将、军师、佑笔、军奉行、军目付、使番、物见番头等。除此之外，还有马回、小姓、药师、祈祷僧等后勤保障人员。在本阵之外，担任不同作战任务的独立军团的组成人员由侍大将、枪大将、铁炮大将、足轻大将、弓大将以及其下的兵吏、兵丁组成。
火枪传入日本国大概是在1543年8月25日，后面在这个国家改造产生了日本铁炮，简称铁炮。
1543年，一艘开往中国的葡萄牙商船途中因台风迷失方向，漂到了日本种子岛。船上的葡萄牙人带有当时欧洲流行的火绳枪。种子岛年仅16岁的领主时尧花重金从葡萄牙人手中购得了两支火绳枪，并命自己的专用工匠八板清定进行仿制。
起初的仿制以失败告终，一年后，不甘心失败的八板清定从再次来到这里的葡萄牙人那里学到了先进的火枪技术，成功地制造出了被日本人称为“种子岛枪”的火-->>