等复反，贼寇敛兵南漳、远安之间，自湖广入川、陷大宁、进犯巫山，却被官兵扼守于巫山。秦良玉陈兵雒门百子溪，万元吉率舟师上三峡，令众贼不能渡。
最后，还是曹操率部殿后，才令贼众得以鱼贯而过。
初三日，诸贼登岸会师奉节，贼兵自山后抄掠，官兵分扼诸隘，令贼掠无所得。秦良玉和万元吉运筹帷幄，寻机派遣马祥麟和杨茂选率兵击退众贼。
不久，四川巡抚邵捷春和太子少保左良玉会于壁城。
见朝廷大军到来，过天星，即惠登相，立即驱兵攻郑山寨，却被川将罗于萃击败，仓惶带百骑逃走。
群贼饥困，欲谋夺尖山西奔。
然而四川总兵郑嘉栋统领湖广副总兵张应元、汪云凤，陕将贺人龙、副总兵李国奇等火速赶赴，在尖山寨大败众贼，斩首一千七百余人，生擒自来虎等七十一人……
不得已，众贼退屯至羊桥，四出抄掠。
几天后，秦良玉于马家寨阻截贼逆，斩首六百，其子马祥麟率白龙骑追至留马垭，大破贼军。
值得一提的是，此役虽以秦良玉部为主力，但统筹谋划的却是万元吉！
其安排秦良玉等人以逸待劳，自己则率兵驱赶贼众，令其中伏，贼兵溃逃后又立马派出麾下游击杨茂选率部协助马祥麟，前后一心为战，半点没有私心，可见此人绝非依仗宠信的无能内鬼。
万元吉知人善任、通晓兵事，纵有骄兵悍将，也无不被他给折服，贼寇闻之如虎，人称“万见愁”。