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后来的东汉、魏晋之时，高昌继续得意发展，隶属于凉州敦煌郡。之后的两晋南北朝时代，高昌也一直被汉人牢牢控制。先后建立了阚氏高昌、张氏高昌、马氏高昌和鞠氏高昌四国。在此期间，高昌国一度壮大，高昌鞠嘉王派次子入主焉耆为王。
直到隋朝时期，高昌才被突厥攻破，因此衰弱，后来又被唐朝所灭。在安史之乱后，逐步被回鹘占据。
不过由于高昌回鹘的仆固家族信奉摩尼教——这是个计划生育，哦，应该说是厌恶牵手和生育的宗教，所以占据高昌这片富庶之地的回鹘并没有发展壮大。而是遇上了“少子化”难题，人口越来越少，到了北宋末年的时候，已经远远比不上被他们统治的信奉佛教的汉人了。
因为人口太少，所以高昌回鹘一直都很弱。在北宋初年时依靠同大宝于阗国还有归义军结盟，还能勉强维持局面。到了于阗、归义军相继灭亡后，高昌回鹘就只能成为契丹的附庸，依靠契丹的支持，勉强抗衡相对强大的喀喇汗国——其实喀喇汗国也不强大，不过他们信天方教，没有“少子化”问题，所以人口很多……
而当萧合达和耶律大石率领着18000名河西骑兵（战兵、辅兵各半），浩浩荡荡的抵达高昌时，深受“少子化”问题困扰的国王仆固毗迦也只能带着贵重的礼物出迎。