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九卿之一的鸿胪寺卿，被裁撤了，相应的职能转移到了礼部的手上。卫尉寺和太仆划归兵部，太常寺和光禄寺划归礼部，太府寺划归三司使衙门，九卿减为三卿，朝廷里的冗官，为之一空。
新的九卿，也就变成了，吏、户、礼、兵、刑、工这六部尚书，以及都察院都御史、大理寺卿、枢密副使，统称九卿。
其中，大理寺，名义上属于九卿衙门。实际上，大理寺直接隶属于李中易管辖，其人、财、物和内阁诸衙门，没有任何的关系。
这就是李中易一直想推行的，司法权独立于行政权之外，以免内阁那边施加政治性的干扰。
至此，李中易精简朝廷机构的计划，完成了阶段性任务，暂时告一段落。
在朝廷之上，李中易为总负责人，内阁分管政务，枢密院在总参议司、后勤司、军法司、镇抚司的配合下，共同掌握军权。
三司使，因为掌握着朝廷的财政大权，被单列了出来，直接隶属于李中易管辖。
这么一来，内阁的权势，由掌握一切大政的政事堂，变成了奉诏办事的最高执行机构。
按照新定的规矩，朝廷的大政方针，由李中易召集御前会议来决策，御前会议的成员，包括内阁诸相、三司使以及九卿。
在朝廷的机构改革之中，和读书人最息息相关的是，国子监改成了太学。
如今的太学，分为儒、文、理和法四科，顾名思义，也就是儒学，杂学、工学和法学。
在儒生闹事的乱相之中，国子监成了儒生们聚集的主要场所，他们每天抨击朝政，污蔑李中易是暴君。
结果，等李中易展开反击之后，国子监第一时间就被裁撤了，改为太学。
新任的太学山长，由镇抚司副镇抚夏明德担任，他是李中易钦点的山长。
这主要是李中易吸取了教训，所谓的国子监学子们，他们肩不能扛，手不能提，百无一用，却偏偏是闹事最厉害的一群人。
最可恨的是，这帮家伙居然围攻官员的宅子，打死打伤了十几名官员。
所以，等李中易腾出手之后，第一时间就对国子监动了手。那些闲得没事干的学子，一律发配去了灵州，让他们喝一喝西北风，清醒清醒头脑。
朝廷中枢的机构改革，不可避免的影响到了地方，原本地位很尴尬的各级大理分寺，如今完全掌握了地方的司法权。
与此同时，各地除了知州之外，也都配备了通判。与之相对应的是，各县也都配了县丞。
按照朝廷的典章制度，知州发布的政令，必须要通判副署，否则就不是合法的政令。
在统一了江南之后，李中易和内阁，都深陷于文山之中。毕竟，天下已经有五百余军州，无论大小事务，都要呈报进京，换谁都吃不消。
于是，在州以上，设置新的一层行政机构的迫切性，也就提到了议事日程。
最终，由李中易拍板，在全国范围内，州以上的一级行政区，设置为十五路，即京东、京西、河北、河东、陕西、淮南、江南、荆湖南、荆湖北、两浙、福建、益州、陕西、广南東和广南西。
其中，河东路的地盘，暂时掌握在刘汉朝廷的手上，益州路则依然是孟家的江山。
路这一级，只设置三个衙门，即都指挥使司、布政使司和大理路寺。这三个衙门，分掌本路的军事、行政和司法大权。
其中，大理寺，由上到下，依次为路寺、州寺和县寺。其衙门为固定，但司法人员，每两年必须轮换一次，办案也采取抽签制，谨防徇私舞弊。
经过一系列的改革之后，形成了以李中易为核心，中央集权为主，地方分权为辅的管理体制。