接下来的剧情中，继续延续主线使徒来袭的剧情。
这次来袭的是第十二使徒——球状天使，夜天使。
碇真嗣受命驾驶初号机应战，但天空中的那个球状其实不是夜天使的本体。
球体下地面上巨大可吞噬物质的黑影才是它的本体，其内部还有名为“迪拉克之海”的虚数空间。
初号机就这样被黑影吞噬数十小时后，耗尽了内部电源而呈现停止活动的状态，碇真嗣的身体也已从插入栓中消失了。
然而这个时候初号机再度……暴走了，由内部突破使徒，将其本体撕裂。
这一集过后，也被观众们吐槽，初号机没电了要暴走了才是最厉害的。
上次初号机被打瘫痪了，然后直接暴走爆杀了第三使徒。
这一次，夜天使这个这么无解的使徒，又被没电然后暴走的初号机给手撕了。
可见初号机暴走多么厉害，它身上的那些装甲和电路……还真是拘束器。
甚至有人开始调侃——
“初号机：真嗣你不行，让我自己来！”
“初号机：菜就多练！”
“练有个屁用！没天赋就是没天赋！（）”
“也是，真嗣日常可是一直在练驾驶机体的，但这么看来还是不行啊。”
“这么厉害的初号机，能被真嗣玩成这样，可见真嗣真的有点太菜了。”
“初号机尽力了，驾驶员中学生（）”
“堪忧！最后一战！”
“别说，还真是，真嗣还真就现在还只是个中学生，就问你高中是不是中学嘛！”
“我觉得是真嗣驾驶初号机的方式不对（），都能手撕使徒了，还拿你那小手枪干嘛？！”
“就是就是，直接上去大力手撕啊，初号机这么猛，直接力大砖飞了都行啊。”
“建议下次初号机出战不要充电，直接开启没电暴走模式。”
“是啊，既然这样那一开始就用暴走形态出击不就行了吗？（大古.jpeg）”
“致敬传奇红色莽子驾驶机师——圆大古！”
“大古：太对了！直接没电然后开暴走形态出击啊！”
……
这会儿大家其实还只是调侃初号机暴走太过于离谱了，夜天使那种BUG一般的使徒也能强行被剧情杀。
但是很快，他们就见识到了……初号机暴走是真的厉害，不是强行为了剧情需要！
在消灭第十二使徒后，新的EVA机体四号机又在测试S2机关时出现问题。
然后……连同NERV在北美的第二分部也一起被炸毁了。
因此三号机就从北美第一分部运往共和国本部进行激活测试。
而三号机的适格者暂定为碇真嗣的同学铃原。
这下子观众们顿时懂了，原来……碇真嗣的那个学校甚至是班级其实都算是EVA适格者的候选人。
难怪他们还要上学。
其实本来就是以此来培训，届时驾驶EVA战斗的驾驶员培训班。
然而这个时候第十三使徒雾天使来袭，它的能力也相当与众不同，那就是……
可以侵蚀和寄生其他生物。
而且它还真侵蚀和寄生了这次试验的三号机。
但铃原此时早已进入三号机内，他却和NERV总部断开了联络。
在这种情况下，碇源堂命令绫波丽、碇真嗣和明日香驾驶零号机、初号机和二号机出战。
然而碇真嗣虽然不知道铃原还在三号机里面-->>