，但他却认出这就是EVA机体。
所以他始终无法动手。
在这个过程中，早已知情的明日香想告诉碇真嗣，但却在这个时候刚好被三号机击倒。
她只能被迫出逃，中断了和碇真嗣的联络。
而这个时候，绫波丽想去帮助碇真嗣的，但是被碇源堂下令直接撤退，让碇真嗣解决三号机。
可绫波丽还是在分心犹豫之下被十三使徒寄生控制的三号机抓住了，并且再度发动侵蚀寄生的能力，侵蚀了零号机的左手。
碇源堂在这个时候，却是毫不犹豫地下令，在绫波丽和零号机还有神经连接痛感同步的情况下，切断了零号机左手。
碇真嗣被迫驾驶初号机和三号机应战，但是他在战斗中也确定了，那就是EVA，而不是使徒。
甚至上面还有和他一样的人类驾驶员，所以……他不能杀人，也不想去杀人。
在他无心战斗的情况下，碇源堂劝说无果，然后选择了……开启新研发的傀儡系统。
直接切断了碇真嗣对初号机的所有控制权，然后……初号机再次暴走了！
它直接像是野兽一样，以彻底碾压的力量撕碎了三号机。
三号机的肢体被拆得支离破碎，鲜血也是直接喷了出来。
然而碇真嗣更加确定了，那就是EVA。
观众们在知道里面就是铃原的情况下，相当心疼铃原。
因为……EVA机体和机师有着神经连接的，痛感是同步的。
所以三号机被活活撕碎，就等于铃原也在遭受这种被凌迟分尸的酷刑。
可想而知，这到底有多痛。
“不要！住手！住手啊！”
碇真嗣却是直接看着这一幕的发生，无法制止初号机。
最终……
初号机直接抽出了三号机里的插入栓，碇真嗣终于可以完全确定了……那就是EVA，那里面就是有和他一样一个年纪的人类驾驶员！
“住手！”
然而初号机还没停止暴走，明明三号机已经被拆完的情况下，它还手握着那根有着人类驾驶员在内的插入栓。
然后就这样……直接捏碎了！
战后，碇真嗣看到了在破碎的插入栓中，浑身是伤、生死不知的好友铃原，陷入了极端的痛苦和自责当中。